El castillo de Javier nació como torre de señales y vigilancia entre los siglos
X y XI. En torno a esta Torre del Homenaje o San Miguel se fueron añadiendo estancias, quizás por la existencia del agua fresca de su aljibe.
El polígono delantero alojaba estancias señoriales y el trasero se habilitó para bodegas, graneros y otros servicios. En 1516, el Cardenal Cisneros ordenó arrasar los muros exteriores que rodeaban la fortaleza, desmochar las torres, cegar los fosos con las piedras de las almenas, inutilizar los matacanes y saeteras y destruir los puentes levadizos. En 1892 y 1952 se realizaron obras de restauración que le devolvieron su aspecto actual. La visita a la capilla nos permitirá admirar la bella imagen de nogal del Santo Cristo, del siglo XIV, que según la tradición sudó sangre en los momentos difíciles de la vida de San Francisco Javier, la última vez, el día de su
muerte.

El Castillo, cuyo origen se remonta al siglo X, ha sido objeto de una restauración arqueológica desde la década 1950. Se convirtió en museo en 1986. Además de su propio interés como centro defensivo y residencia familiar de varias familias navarras influyentes (los Aznárez, los Artieda y los Jaso-Azpilicueta desde el siglo XVI),
conserva numerosas obras de arte y documentos históricos. Entre las primeras, una colección de pintura española del siglo XV al XX (Murillo, Coello, Carreño, Maella, V. Bécquer, Lucas, R. Madrazo y Salaverria) y
otra de kakemonos japoneses del siglo XIX, con escenas de la vida de San Francisco Javier.
Son notables también el retablo de alabastro policromado con la Adoración de los Magos, del siglo XVI; el San Francisco Javier Agonizando, cera flamenca del siglo XVIII y el Cristo Milagroso del siglo XIV, rodeado en su capilla de unas pinturas murales que representan el caso extraño de la Danza de la Muerte.

Francisco nació en el castillo propiedad de sus padres, María de Azpilicueta y Juan de Jaso el 7 de abril de 1506. Su padre era Doctor en Derecho y Presidente del Real Consejo. Su madre pertenecía a la nobleza local. Sus hermanos mayores eran Magdalena, Ana, Miguel y Juan. El castillo fue su hogar durante 19 años. De allí marcha a estudiar a la Universidad de la Sorbona en París, donde se reencuentra con Ignacio de Loyola. Con éste y otros amigos deciden fundar la Compañía de Jesús.

Con el patrocinio del rey de Portugal se embarca con la tarea de evangelizar las Indias Orientales. Durante estos años realizará su labor misionera en la India, las Molucas, las Malacas, Mozambique... hasta llegar al Japón. Justo en el momento de cumplir su máxima aspiración, entrar a China para proseguir su misión evangelizadora, muere en las costas de la isla de Sancián el 3 de diciembre de 1552. Francisco de Javier fue canonizado el 12 de marzo de 1622. Hoy en día, entre otras cosas es patrón de Navarra, de varios países como Canadá y Australia, de los deportistas navarros en general y de los pelotaris del mundo en particular, patrón de la Juventud Navarra, de las Misiones, del turismo en España.

Anualmente, en la primera quincena de marzo y coincidiendo con la Novena de la Gracia, Javier se convierte en la meta de peregrinación penitencial de toda Navarra. La media de visitantes es de 30.000 personas cada fin de semana.